Ředitelství ústavu
Ředitel ústavu
Personální oddělení
Tisková mluvčí
Kancelář ředitele
Interní auditor
Projektová kancelář
Sekce pro všeobecné vzdělávání
Oddělení pro koncepci kurikula
Oddělení pro matematické, přírodovědné a digitální vzdělávání
Oddělení pro jazykovědné, společenskovědní a umělecké vzdělávání
Oddělení pro preprimární a primární vzdělávání, společné vzdělávání
Sekce pro kvalifikace, počáteční a další odborné vzdělávání, uznávání výsledků předchozího učení
Oddělení pro analýzy trhu práce a vzdělávání
Oddělení pro rozvoj a správu Národní soustavy kvalifikací
Oddělení pro kurikulum odborného vzdělávání
Oddělení pro další vzdělávání a podporu procesů uznávání
Oddělení Národního informačního centra pro mládež (NICM)
Oddělení pro mezinárodní spolupráci
Oddělení pro komunikaci s veřejností a publikační činnost
Sekce pedagogicko-psychologického poradenství, prevence a institucionální výchovy
Oddělení revizní pracoviště
Oddělení pro tvorbu diagnostických a intervenčních nástrojů
Oddělení pro rovné příležitostí ve vzdělávání, školské a školní poradenské služby
Oddělení pro ústavní a ochrannou výchovu a prevenci rizikového chování
Oddělení pro další vzdělávání pedagogických pracovníků
Oddělení školské poradenské zařízení
4. Sekce ekonomická
Oddělení finanční účtárny
Oddělení mzdové účtárny
Oddělení ICT
Oddělení veřejných zakázek
Oddělení hospodářské činnosti