Při poskytování služeb pedagogicko-psychologického poradenství je kladen důraz na ochranu práv jejich uživatelů (zejm. informovaný souhlas jako podmínka poskytnutí služby) a na ochranu osobních údajů. Pracovníci poradny jsou povinni postupovat v souladu se zákonem č. 101/2000 Sb., o ochraně osobních údajů a o změně některých zákonů, ve znění pozdějších předpisů. Týká se to zejména předávání informací třetím osobám a zpracovávání důvěrných a citlivých údajů o uživatelích poradenských služeb.