Ústav se však od počátku potýkal s řadou problémů a po reorganizaci v roce 1922 byl nakonec o tři roky později zrušen, zachována zůstala pouze knihovna. Dílčími otázkami pedagogické teorie a vyučovací praxe se pak v dalších letech zabývala různá profesní sdružení (Početní sekce národních škol, Komise pro reformu přírodovědeckého vyučování a další), avšak instituce, která by tyto dílčí aktivity koordinovala, chyběla až do roku 1945.
VÚP v letech 1945 až 1989
Výzkumný ústav pedagogický Jana Amose Komenského v Praze (VÚP JAK) byl založen dekretem prezidenta republiky z 27. října 1945, kdy došlo ke sloučení dvou samostatných, na sobě nezávislých pracovišť vzniklých na jaře téhož roku: Výzkumného ústavu pedagogického v Praze, se sídlem v budově bývalé německé reálky v Mikulandské ulici, a Zemského výzkumného ústavu pedagogického v Brně, který se stal jeho pobočkou.
V následujících letech byly zřízeny další instituce – v roce 1947 Výzkumný ústav pedagogický v Bratislavě, v roce 1950 Studijní a informační středisko pro hospodářské nauky odborných škol, z něhož po několika reorganizacích vznikl v šedesátých letech Výzkumný ústav odborného školství (VÚOŠ), v roce 2001 přejmenovaný na Národní ústav odborného vzdělávání.
Ačkoli si Výzkumný ústav pedagogický z počátku kladl za cíl vědeckou, objektivní a tematicky pestrou činnost, v letech 1948–1989 jeho práci výrazně ovlivňovala ideologie tehdejšího režimu. V roce 1957 přestal být ústavem Jana Amose Komenského, o rok později byla zrušena jeho brněnská pobočka. Počet zaměstnanců zůstával před rokem 1989 stále přibližně stejný – kolem 180.
Proměny ústavu po roce 1989
Výzkumný ústav pedagogický v Praze se vždy věnoval přípravě učebních osnov a vzdělávacích programů pro mateřské a základní školy, včetně škol speciálních, a pro gymnázia. Od 90. let se více zapojuje také do přípravy celostátních koncepčních dokumentů (Bílá kniha, Dlouhodobé záměry ČR, různé vzdělávací strategie) a vytváří pro výuku hlavní vzdělávací koncepce a rámce (Standard základního vzdělávání, Standard gymnaziálního vzdělávání, rámcové vzdělávací programy).
V posledních letech se ústav snaží prohlubovat metodickou podporu učitelů a spolupráci se školami, obnovuje síť partnerských škol, na kterých ověřuje funkčnost dokumentů, a monitoruje výuku podle školních vzdělávacích programů (ŠVP).
Po vstupu České republiky do Evropské unie začíná ústav spolupracovat s odbornými komisemi EU a zapojovat se do jejích projektů. K nejvýraznějším patří projekt Metodika (I a II), v jehož rámci se podařilo vytvořit vzdělávací portál www.rvp.cz, který učitelům umožňuje získávat materiály pro výuku a dále se vzdělávat.
Po roce 1989 došlo k výrazné redukci počtu pracovníků VÚP (z cca 180 na cca 60), která byla spojena s přesunem ústavu z dlouholetého sídla v Mikulandské ulici v Praze 1 na západní okraj Prahy do Zličína v roce 1991.
Po třinácti letech (2004) ústav znovu změnil své působiště, tentokrát se přesunul na jih Prahy do budovy Eltoda na Novodvorské. Další stěhování proběhlo v roce 2009 (na Senovážné náměstí v Praze 1) a poslední v závěru roku 2011, kdy se zaměstnanci VÚP přestěhovali do budovy Národního ústavu pro vzdělávání v Hostivaři, který se stal nástupnickou organizací sloučených ústavů.
