Organizační struktura fiktivní firmy má v zásadě odpovídat struktuře středně velké firmy reálné. Protože fiktivní firma nevyrábí žádny produkt, není třeba zřizovat oddělení, která výrobu produktu či poskytování služby poskytují. Naopak je nutné zřídit zejména ekonomické a právní útvary.
Konkrétní struktura každé fiktivní firmy odpovídá místním podmínkám a je proto dána především počtem žáků, kteří budou ve firmě pracovat.
V průběhu celé výuky doporučujeme alespoň jednou provést obměnu žáků pracujících na jednotlivých pozicích. Z této obměny by měl být vyloučen ředitel fiktivní firmy.