Vzdělávání je přizpůsobeno žákům se sníženou úrovní rozumových schopností, psychických zvláštností, nedostatečnou úrovní koncentrace pozornosti a nízkou úrovní rozvoje volních vlastností. Rozvíjí jejich schopnosti a usnadňuje jim vstup do dalšího vzdělávání a praktického života.
Vzdělávání na základních školách speciálních se realizuje podle školních vzdělávacích programů (ŠVP), které jsou vytvářeny a případně měněny v souladu s Rámcovým vzdělávacím programem pro obor vzdělání Základní škola speciální (RVP ZŠS).
Rámcový vzdělávací program pro obor vzdělání základní škola speciální začal platit od 1. 9. 2008. Výuku podle ŠVP zpracovaných podle RVP ZŠS zahájily školy 1. září 2010, a to v 1. a 7. ročníku. V ostatní ročnících bude nadále probíhat výuka podle Vzdělávacího programu pomocná škola a Rehabilitačního vzdělávacího programu pomocné školy, které jsou považovány za dobíhající.
Školy mají zpracovány dva učební plány. Učební plány dobíhající vzdělávací soustavy lze upravit tak, aby se co nejvíce přiblížily ŠVP. Jedná se o úpravy vnitřní struktury nikoliv o navýšení počtu hodin. Souběh vzdělávacích oborů bude ukončen v roce 2016, po té již bude pro vzdělávání v základní škole speciální závazný výhradně RVP ZŠS.